Thời kỳ khảo cổ học tiếp theo trong lịch sử Nhật Bản được gọi là thời kỳ Kofun, cũng là thời kỳ mở đầu giai đoạn Yamato. Xã hội Yayoi dần phát triển thành một xã hội với sự thống trị của tầng lớp quý tộc quân đội và những lãnh địa được tổ chức theo mô hình gia tộc, đặc điểm nổi bật của thời Kofun sau đó. Sự thay đổi này rất có thể bắt nguồn từ cuộc di dân từ bán đảo Triều Tiên.